Tras la revelación sobre su madre, Sydney acude al SD6 decidida a poner fin a la vida de intrigas y falsedades que tiene que aguantar día a día. Su padre acude tras ella para impedir tal hecho, que bien podría implicar que la sección de seguridad la “silenciara” para siempre.
Pero el destino les tiene reservada una sorpresa; un antiguo agente del SD-6 llamado McKenas Cole irrumpe en las instalaciones y se hace con el control de la agencia. Afortunadamente, Sloane es capaz de iniciar el proceso de bloqueo del SD-6 antes de que Cole se haga con el control total. Ese bloqueo deja a Sydney y a Jack encerrados en el ascensor, por lo que huyen por los pasadizos secretos de la agencia para reagruparse y decidir el curso de sus acciones.
Cole afirma trabajar para un nuevo grupo terrorista liderado por una persona conocida simplemente como “El Hombre”. Su objetivo es abrir la cámara de seguridad del SD-6 y obtener un valioso objeto allí guardado. Sloane está dispuesto a sacrificarse para que el misterioso objeto no salga de la cámara, consciente, además, de que abrir la cámara bajo un procedimiento de cierre hará que las cargas de C4 instaladas en los bajos del edificio no deje piedra sobre piedra, sepultando al SD-6 y a todos sus integrantes de un plumazo. A través de las cámaras de seguridad, las cuales han pirateado Jack y Sydney, se enteran del plan.
Mientras tanto, Will recibe una llamada de su confidente misterioso pero el periodista le informa de que no quiere continuar la historia sobre el misterio de las muertes de Daniel Hetche y Eloise Kurtz. Sin embargo, la voz no parece dispuesto a dejar que la historia sea enterrada y facilita información a Will. Además, aparece en la palestra la hija de David McNeal, que le suplica ayuda para desenterrar a los asesinos de su madre y limpiar el nombre de su padre. Finalmente Will accede a seguir con el caso.
Tras la revelación sobre Laura Bristow, la CIA ordena a Vaughn que acuda a hablar con una terapeuta de la agencia y ésta le pregunta cómo concilia el hecho de ser el enlace de Sydney, la hija de la asesina de su propio padre. Vaughn insiste en que se encuentra perfectamente, pero Barnett le presiona, preguntándole si es cierto que le hizo un regalo a Syd por navidades y si considera apropiada la relación que tiene con su enlace.
Sydney decide avanzar por los túneles de ventilación hacia el despacho de Marshall para obtener un objeto que les permitirá cambiar las claves de seguridad de la cámara, por si se diera el caso de que Sloane revelara la clave. Sin embargo, tras cambiar las claves, Cole oye a Syd avanzar por los tubos y comienzan a disparar para detener al intruso…